Gar nicht.
Aber: ein Applet kann auch Menüleisten und solches Zeugs anzeigen, erst wenn es um Dinge wie "Dateien schreiben" geht, kann es weniger.
Du kanst auch einfach einen Knopf machen, der dein Frame aufpoppen lässt (und der Knopf sitzt auf einem Applet). Das ist dann allerdings immernoch ein Applet, und keine Application.
Die professionelle Lösung wäre allerdings Webstart einzusetzen, dann klickt der User auf einen Link, und das Programm (inkl. allen Libraries auf dem aktuellsten Stand) wird runtergeladen.