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Von Subversion in Eclipse habe ich nichts Gutes gehört und die Erfahrung des heutigen Tages lässt mich nicht daran zweifeln.
Auch wenn mich Eclipse bisweilen auf die Palme bringt, so sollte es doch klar sein, dass man von einer IDE verwaltete Verzeichnisse eigentlich in Ruhe lassen sollte. Das dürfte bei NetBeans nicht anders sein. Wenn man eine Weile mit dem entsprechenden Werkzeug gearbeitet hat, dann weiß man auch, was man sich erlauben kann und was nicht. Im src-Verzeichnis hantiere ich auch ab und an per Hand rum (z. B. wenn ich Klassen per wsimport habe generieren lassen o. ä.). Gerade das bin-Verzeichnis ist aber tabu. Wenn ein Tutorial das anders beschreibt, dann ist das falsch (zumindest im Zusammenhang mit Eclipse).
Aber ich habe auch schon Erfahrungsberichte von Leuten gelesen, die mit NetBeans viel besser zurecht kamen, als mit Eclipse. Soll ja jeder mit dem arbeiten, mit dem er am besten kann. Mal gucken, was daraus wird, wenn sich die Gerüchte bestätigen sollten, dass Oracle NetBeans nicht mehr haben will (FUD hooray).
Wenn du sagst leeren Workspace, meinst du dann neuen Workspace, oder projekte aus dem alten Workspace gelöscht? Denn du hast dir vermutlich irgendwie den Workspace geschrottet, ein neuer sollte da helfen.
Falls du Linux Nutzer bist kann es auch sein das du die falsche VM verwendest. OpenJDK + Eclipse funktionieren noch nicht richtig zusammen