Ach so (sorry, dass ich dich missverstanden habe).
Du könntest auch den Thread blockieren, indem du folgendes machst:
Code:
Thread.sleep( 60000 );
Vielleicht kannst du auch den InputStream benutzen? Das Tool schreibt etwas, und du wartest mit deinem Prog, bis etwas bei dir ankommt. (Du kannst über Process an diesen Stream rankommen).