Dann lies mal ein Anfängerbuch deiner Wahl oder benutze die Forensuche

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Stichwörter für dein 1. Problem:
Runtime#getRuntime#exec und Process
Stichwörter für dein 2. Problem:
BufferedReader und BufferedWriter für Textdateien, für Binäre Dateien BufferedInputStream und BufferedOutputStream
[edit] verdammt, schon wieder zu langsam